アメリカ、ペンシルバニア州の田舎町。ケラー・ドーバー（ヒュー・ジャックマン）と妻のグレイス（マリア・ベロ）は息子と娘の4人家族。感謝祭を祝うため、隣人のフランクリン・バーチ（テレンス・ハワード）・ナンシー（ヴィオラ・デイヴィス）夫妻の家でホームパーティーを開いていた。バーチ夫妻にも娘と息子がいた。
ところが、パーティーの最中、ドーバー家に行くと言ったきり、お互いの娘二人が行方不明になってしまう。事件を担当したロキ刑事（ジェイク・ジレンホール）は不審な車に乗っていたアレックス・ジョーンズ（ポール・ダノ）を拘束するが、彼は知的障がい者で、自白を得ることができず証拠もないまま、期限切れで釈放せざるを得なくなる。
これに怒ったケラーは、釈放直後のアレックスに詰め寄り、娘の居場所を聞き出そうとする。そのとき、アレックスが子どもたちに関する発言をする。これでアレックスが犯人だと確信したケラーは、廃屋となっている亡き父親の家にアレックスを連れていき監禁。拷問にかけて証言を引き出そうとする。
ケラーはこのことを妻や息子には内緒にしていたが、隣家のバーチ氏には知らせて一緒に詰問する日が続いた。一方、ロキ刑事は別のルートから捜査をして、性犯罪の前科がある神父や他の不審人物を追っていく。どれも決め手にはならなかったが、どの容疑者にも不思議な「迷路」が関連していた。
ある日、バーチ夫妻の娘が無事保護される。ケラーがどこにいたのか？と問い質すと、彼女は「あなたもそこにいた」と言う。これを聞いてケラーはピンときた。娘はアレックスと同居している叔母のホリー・ジョーンズ（メリッサ・レオ）の家にいる！
急いでホリーの家に向かうケラー。すると、ホリーは拳銃を取り出した。不気味な液体を飲まされるケラー。朦朧とした意識の中で、外に止めてあった車の下に作られた地下室に閉じ込められてしまう。そこには娘が持っていたホイッスルが落ちていた。。。
ロキ刑事はケラーが廃屋に向かったと思い駆けつけ、拘禁されていたアレックスを発見。保護者のホリーの家に向かう。そこで、例の「迷路」の写真を見つける。ホリーを不審に思い尋問しようとしたが、ホリーはケラーの娘に薬物を注射しようとしていた。ロキ刑事はホリーを射殺する。これで両家の娘とも助け出される。ホリーは亡き夫とともに、多くの子どもたちを誘拐・殺害してきて、アレックスも実は親戚などではなく誘拐された一人だった。
しかし、ケラーの行方がわからなくなった。そのとき、微かなホイッスルの音が聞こえてきた。。。
原題： Prisoners
監督： ドゥニ・ヴィルヌーヴ（Denis Villeneuve）
出演： ヒュー・ジャックマン（Hugh Jackman）、マリア・ベロ（Maria Bello）、テレンス・ハワード（Terrence Howard）、ヴィオラ・デイヴィス（Viola Davis）、ジェイク・ジレンホール（Jake Gyllenhaal）、ポール・ダノ（Paul Dano）、メリッサ・レオ（Melissa Leo）